2022年1月1日，海关总署公布《中华人民共和国海关综合保税区管理办法》（以下简称“署令256号”），明确了税收政策的管理、依据、优惠等事项，并自2022年4月1日起开始执行。新政在原《国家税务总局 财政部 海关总署关于在综合保税区推广增值税一般纳税人资格试点的公告》（以下简称“第29号”）文件的基础上，集“境内关外”、增值税一般纳税人资格试点、选择性征收关税、区内维修和跨境电商等海关特殊监管区域税收优惠政策为一体，使区内企业按照自身经营需求，有了选择适合税收政策的空间。对此，本文以分析增值税一般纳税人资格试点企业税收政策为亮点，通过阐述区内试点企业使用增值税专用发票应当注意的事项，为今后入区企业掌握相关税收政策提供参考依据。
综保区试点企业税收新亮点
有效解决购销货物增值税发票管理问题
根据署令256号规定，对进出综保区的货物实施“境内关外”管理政策，区内开展增值税一般纳税人资格试点的企业，按照第29号规定执行。即区内企业在综保区完成备案后，对符合增值税一般纳税人登记管理有关规定的，可自愿向综合保税区所在地主管税务机关、海关申请成为试点企业，并按规定向主管税务机关办理增值税一般纳税人资格登记。上述规定有效地解决了区内企业销售保税或加工后的保税货物不能开具增值税专用发票的问题。同时，也解决了试点企业从区外购进货物、生产设备等取得进项税额允许抵扣的实际情况。
有效解决提供或销售非货物类应税服务开票问题
按财政部 国家税务总局《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）中的规定，综保区内企业提供或销售服务、无形资产或者不动产，无论发生在区内还是境内区外都是增值税纳税人，应按规定申报缴纳增值税，但增值税能否抵扣一直存在争议。对此，署令256号规定，区内增值税一般纳税人试点企业，从事或兼营应税服务、销售无形资产或者不动产的，可按规定开具增值专用发票或普通发票，其取得对应的进项税应准予申请抵扣或参与申请留抵退税。
有效解决区内企业使用水电气办理退税问题
按照《财政部 国家税务总局关于出口货物劳务增值税和消费税政策的通知》规定，对区内企业销售给区内生产企业（非试点）生产耗用且不向海关报关而输入特殊区域的水、电、气，由区内生产企业（非试点）按视同出口申报退（免）税。在署令256号和第29号政策出台后，明确了增值税一般纳税人资格试点的条件，区内生产企业（非试点）可以申请为一般纳税人试点，对此，区内试点企业如果从境内区外购进“水电气”且用于生产耗用的，在办理出口退税资质备案后，可按两种方式进行处理，一是购进“水电气”增值税专用发票认证勾选的，可以进行抵扣但不能用于退税；二是购进“水电气”增值税专用发票勾选退税的，可视同出口退（免）税申报，但不能用于进项税额抵扣。
有效解决区内注册区外经营企业享受政策的问题
对于“区内注册、区外经营”的“虚拟”区内企业，在购销货物一般不进、出区域（海关闸口）的，其货物在购销过程中，除报关出口外，一般也不涉及海关特殊监管区域或综保区税收政策。该类企业注册区内的主要目的是便于非保税项下货物贸易的往来，对此，根据署令256号和《国家外汇管理局关于印发的通知》，享有以外汇或人民币计价结算的自由收付款（汇）管理，区内企业不论是从事一般贸易，还是保税贸易，均可以自由选择以人民币或外汇计价和享有“境内关外”的收付汇便利。
综保区试点企业发票使用注意事项
不能开具增值税专用发票的情形
区内试点企业受托境内区外企业加工、保税维修而产生的费用，在加工、维修后的货物复运回境内区外时，要向海关填报进口货物报关单。对此，根据署令256号和《关于海关特殊监管区域内保税维修业务有关监管问题的公告》（海关总署公告〔2015〕59号）规定，加工或维修费用已分列商品项数量的，征减免税方式为“照章征税”申报并完税，委托方凭海关完税凭证进行抵扣。所以，区内试点企业不能开具增值税专用发票或计提增值税销项税，否则会出现同一笔加工、维修活动，重复计税和抵扣的情形。
署令256号和第29号政策规定，区内企业（含试点企业）在销售保税货物或未经加工的保税货物时，继续适用保税政策。由于上述保税货物或未经加工的保税货物在办理离境或出区申报时，海关须对处于保税监管状态的货物按进出境监管办法，对离境保税货物实施免税，对出区保税货物照章征收相关税费。因此 ，试点企业不得开具增值税专用发票，否则会产生双重征税。
可以开具增值税专用发票的情形
境内区外企业销售给区内未经报关的水、蒸汽、电力、燃气，应按照规定缴纳增值税、消费税并开具增值税专用发票，以便于区内试点企业用于抵扣或非试点企业用于办理“水电气”退税。
区内试点企业向境内区外、保税区、不具备退税功能的保税监管场所和向试点区域内其他试点企业，销售的货物（未经加工的保税货物除外）可以开具增值税专用发票，照章申报缴纳增值税。另外，试点企业销售上述货物中如含有保税货物的，按照保税货物进入海关特殊监管区域时的状态，可根据扩大内销选择性征收关税的选择，向海关申报缴纳进口税收（含增值税和消费税），并按照规定补缴缓税利息。
综保区试点企业特殊税收政策处理
试点企业发生在区外的应税行为
对于试点企业注册在区内，但实际货物购销活动发生在境内区外（未入区货物）的应税行为，如从境外或区内购进且已向海关完税或从国内购进的货物，再对外销售或申报出口时，不属于《中华人民共和国海关法》定义的“保税货物”，海关也不对其实施监管。试点企业应按《中华人民共和国增值税暂行条例》第一条规定，申报缴纳增值税或申请办理出口退税，其取得符合条件的进项税应准予抵扣或作为退税凭证。同时，试点企业购进货物是以销售为目的，可自由选择“保税”或“非保”进境模式，对于已完税并取得的合法抵扣凭证，允许企业申报抵扣。
境内区外企业报关进入区内的货物
对于境内区外企业销售给区内试点企业以及试点企业之间销售的未经报关的货物，区内试点企业取得的抵扣凭证可以申请抵扣。如果从境内区外购进经加工后出口的，生产企业可以参与免抵退计算；而贸易型企业不经加工出口的，参与免退税计算。但应注意，境内区外报关入区后经分拨、储存再离境的货物，应在货物实际离境后再申请办理出口退税。而对于区内企业进口的货物，视企业自身经营需求或通过合理的税费和成本分析，可自行选择“保税”或“非保”进境方式。
试点企业暂免进口税收的自用设备分摊处理
对试点企业暂免进口税收的自用设备，署令256号和第29号政策规定，应按海关监管年限平均分摊到各个年度并在每年年终对内销部分，执行海关特殊监管区域外税收政策补征税款。即按照试点企业增值税纳税申报表主表上的“（一）按适用税率计税销售额”和“（三）免、抵、退办法出口销售额”为比例进行划分计算补征税款。但应注意比例分摊的准确性，处理不当易造成试点企业内销收入和实际税负的“虚增”。因此，税务机关可指导试点企业按Ｈ账册（保税货物）和Ｎ账册（一般货物）上的入区货物进、销、核信息进行确定，以客观实际的反映境外购进生产设备的内外销比例，以达精准实施税务监管、执法公平公正的目的。
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